会社売却にかかる税金とは？株式譲渡・事業譲渡別での税金の種類や対策を解説

会社売却を検討する際は、手取り額を最大化するための節税対策が欠かせません。本記事では、会社売却時に多くの経営者が不安を抱える、売却益に対する税負担の考え方、最終的な手取り額を減らさないための節税対策を解説します。株式譲渡の個人と法人、事業譲渡、会社分割の場合でどのような違いがあるか、把握しておきましょう。

【種類別】会社売却でかかる税金

売却方法によって、会社売却にかかる税金の種類は異なります。会社売却の種類ごとに、どの税金が関係するかを整理すると、以下のようになります。

その他の売却方法とすべての手法に共通してかかる税金

上記のように、売却方法によってどのような種類の税金がかかるのかが変わります。

【個人】株式譲渡での会社売却でかかる税金

中小企業の会社売却では、オーナー経営者が保有している自社株を売却する株式譲渡が多く使われます。この場合、税金がかかる主体は、会社ではなく個人株主です。個人が株式を売却したときの税金の種類と、計算の基本的な流れを解説します。

株式の譲渡所得に対して所得税・住民税がかかる

オーナー経営者などの個人株主が自社株を売却し、売却価額が取得時の金額を上回った場合、その差額が株式の譲渡所得となり、所得税、復興特別所得税、住民税の課税対象になります。

上場株式と同様に、原則として申告分離課税が適用され、税率は所得税15%、復興特別所得税0.315%、住民税5%の合計20.315%です。この税率は、給与所得などと合算して計算する総合課税の最高税率よりも低く抑えられており、税率面において比較的負担の少ない制度設計になっています。

国税庁「No.1463 株式等を譲渡したときの課税(申告分離課税)」

譲渡所得の計算方法

課税対象となる株式譲渡所得は、株式の売却価額から取得費と譲渡に要した費用を差し引いた金額です。取得費とは、株式を取得したときに支払った金額や増資時に払い込んだ出資額などであり、譲渡費用には仲介会社への成功報酬や弁護士費用、契約書の作成費用など、株式売却のために直接かかった費用が含まれます。

長年経営してきた会社では、取得費を裏付けるために必要な創業当時の出資額や、過去の増資の払込額などの資料が紛失により残っていないケースも少なくありません。実際の取得費を証明する書類がない場合、概算取得費という特例制度を利用できます。概算取得費を適用すると、売却価額の5%を取得費とみなして差し引くことが認められます。

国税庁「No.3258 取得費が分からないとき」

所得税・住民税の計算方法

個人の株式譲渡の場合、申告分離課税が適用されるため、他の所得とは切り離して計算します。

具体的には、まず譲渡所得に所得税率15%を乗じて所得税額を求め、次に、その所得税額に対して復興特別所得税率0.315%を乗じ、復興特別所得税を計算します。そして譲渡所得に住民税率5%を乗じて住民税額を算出し、これらを合計した額が株式譲渡にかかる所得税・住民税の税額です。

分離課税で一律の税率が適用されるため、譲渡所得がいくらであっても税率は変わりません。そのため、高額の譲渡益が出た場合でも、総合課税のように所得が増えるほど税率が上がる心配はありません。

国税庁「No.1463 株式等を譲渡したときの課税(申告分離課税)」

【法人】株式譲渡での会社売却でかかる税金

株主が法人である場合、持株会社のように法人が子会社株式を保有しているケースや、事業会社が投資目的で保有している株式を売却するケースがあります。個人株主とは異なり、法人株主の株式譲渡益は他の所得と合算され、法人税などの課税対象となります。

株式の譲渡益に対して法人税等がかかる

法人が保有している株式の売却価額が簿価（帳簿価額）を上回った場合、その差額は会計上の益金となり税務上の課税所得に含まれます。これに対して法人税と法人住民税、法人事業税が課税されます。

個人株主の株式譲渡と異なり、法人の場合は株式譲渡益だけを切り離して課税する分離課税ではありません。営業利益や受取配当金など、他の収益や費用と合算し、最終的な課税所得に法人税等が課されるため、法人が会社売却で得た株式譲渡益は繰越欠損金の有無などによって、実際の税負担が大きく変わります。

過去の赤字が残っている場合、その欠損金を充当すると実際の納税額を抑えられるケースもあります。

譲渡益の計算方法

法人の株式譲渡益は、売却価額から取得に要した金額と譲渡に直接要した費用を差し引いて算定します。ただし法人の場合、取得費として用いるのは、貸借対照表に記載された株式の簿価です。

簿価と実際の取得価額の間に差額がある場合は、税務上の調整が必要になることがあるものの、多くのケースでは簿価を取得費として適用し、譲渡益を算定します。こうして算出した株式譲渡益は、決算書上の益金として計上され、他の損益項目と合算して課税所得の一部となります。

法人税等の計算方法

法人税等は、株式譲渡益を含む課税所得の合計に、法人実効税率を乗じて算定します。実効税率とは、法人税に加えて法人住民税や法人事業税などを含めた実質的な税率のことです。

法人実効税率は、中小法人か大法人か、また、所得金額がどの程度かといった条件によって、約30%～40%の範囲で変動します。株式譲渡によって損失が出た際、その損失は損金として処理できるため、他の所得と通算して課税所得を圧縮することが可能です。

今期で控除しきれない損失がある場合、一定の要件のもとで翌期以降に繰り越し、控除することも認められています。

国税庁「No.5759 法人税の税率」

消費税の計算方法

株式の売却は「消費」という性質を持つ取引ではないため、原則として売り手にも買い手にも消費税の負担は発生しません。これは、後述する事業譲渡と大きく異なる点です。事業譲渡では、譲渡対象資産の内容によって消費税が課税される一方、株式譲渡の場合には、会社の所有権を表す証券をやり取りするため、原則として消費税の対象にはなりません。

ただし、株式譲渡に関連して取り交わす契約書や領収書については、印紙税の課税文書に該当する場合があります。消費税がかからない場合でも、印紙税という別の税金が関係してくる点には注意が必要です。

国税庁「No.6201 非課税となる取引」

事業譲渡での会社売却にかかる税金

会社売却の種類の中でも、特定の事業だけを切り出して売却する事業譲渡について、税金の扱いを整理します。事業譲渡の場合、税金がかかる主体は会社そのものとなり、譲渡益に対する法人税のほか、譲渡資産の内容に応じた消費税や不動産取得税などがかかります。

事業の譲渡益に対して法人税等がかかる

事業譲渡の譲渡益は売り手法人に帰属するため、その利益に対して法人税等が課税されます。譲渡益は、売り手法人の益金として計上するため、他の所得と合算され、法人税、法人住民税、法人事業税の課税対象となります。

実効税率は、先述した法人株主の株式譲渡と同様、約30%～40%の範囲が目安です。個人の株式譲渡でかかる税率に比べると、高めの水準となっています。

譲渡益の計算方法

事業譲渡の譲渡益は、売却対価から譲渡資産の簿価と譲渡費用を差し引いて算定します。ここで注意したいのは、対象となる資産の範囲が、機械設備や建物、在庫などの有形資産だけでなく、ブランド力や顧客基盤、ノウハウといった無形資産である「のれん」にも及ぶ点です。

のれんを含めた譲渡資産の評価と税務上の扱いは、特に難易度の高い部分です。資産ごとに課税対象資産かどうかを区分し、消費税の課税関係との整合性も必要なため、専門家の支援を受けながら慎重に進めていくと安心です。

法人税等の計算方法

事業譲渡で発生した譲渡益は、売り手法人の課税所得に加算されます。法人税等の実効税率を乗じて税額を算出するという意味では、法人の株式譲渡益と同様です。ただし、事業譲渡による譲渡益が法人の内部に残るという点が、個人株主の株式譲渡とは大きく異なります。

会社に残った利益を最終的にオーナー個人が受け取る段階では、配当や清算分配金といった形で再度税金がかかる可能性があります。法人段階と個人段階の二段階で課税される構造になりやすいため、トータルの税負担が株式譲渡より重くなるケースは少なくありません。

一方、法人に繰越欠損金が多く残っている場合は、その欠損金で譲渡益を相殺できるため、株式譲渡よりも事業譲渡の方が、税負担を抑えられる可能性があります。法人税と個人の所得税の両面から慎重に検証し、判断することが大切です。

消費税の計算方法

事業譲渡では、譲渡対象となる資産のうち、商品や製品、機械設備、備品、のれんなど、消費税の課税資産に該当するものに対して消費税が発生します。一方で、土地や株式、預金などは課税対象外の資産です。

売り手法人は、買い手から受け取った消費税相当額をいったん預かる形となり、課税期間ごとに仕入税額控除を差し引き、税務署に納付します。買い手法人は、支払った消費税を仕入税額控除として処理することが可能です。

事業譲渡契約書や領収書については、記載金額に応じた印紙税が課されます。消費税には、譲渡資産の内訳と評価が大きく影響するため、資産区分と税務処理の方針をあらかじめよく整理しておく必要があります。

会社分割での会社売却にかかる税金

会社分割は、新設分割や吸収分割などの手法を用いて、特定の事業を包括的に別会社へ承継させる方法です。税務上は、適格分割に該当するかどうかがポイントとなります。

適格分割とは、実質的な支配関係や共同事業関係が継続するなどの要件を満たす会社分割です。適格分割では、分割する事業の資産や負債を簿価のまま承継会社に引き継ぐことが認められます。

この場合、分割会社では資産の譲渡益や譲渡損を計上しません。分割時点では法人税は課税されず、実質的に課税が将来へ繰り延べられる形となるため、税務上の負担を抑えながら組織再編を進められます。

一方で、適格要件を満たさない非適格分割となった場合は、資産と負債が時価で移転したものと見なされます。分割会社では、移転資産の時価と帳簿価額の差額について譲渡益または譲渡損が発生し、益金部分に対して法人税等が課税されます。

会社売却にかかるその他の税金

会社売却では、所得税や法人税、住民税、事業税以外に、消費税、印紙税、登録免許税といった間接的な税金も関わってきます。売却益にかかる法人税や所得税に比べるとその額は小さいものの、売却にかかるコストとして事前に把握しておきましょう。

印紙税

株式譲渡や事業譲渡を行うときは、株式譲渡契約書や事業譲渡契約書、売却代金の領収書など、さまざまな書面を取り交わします。これらのうち、印紙税法で定められた課税文書に該当するものには、印紙税が必要です。代表的なものとして、金銭の受取書である領収書、不動産や事業の売買契約書などがあります。

例えば、株式譲渡代金の領収書に記載した金額が5万円以上の場合には、印紙税の対象となり、記載金額に応じた税額を納めなければなりません。一方、電子契約サービスを利用して契約を締結し、契約書を電子データでやり取りした場合、そのデータ自体は印紙税法上の課税文書に該当しません。

印紙税を抑えたい場合には、どこまで電子化できるかも意識しておきましょう。

不動産取得税および登録免許税

いずれの税金も、実際に負担するのは不動産を取得する側、つまり買い手となるのが一般的ですが、売却価格の交渉や契約書での取り決めによっては負担割合を調整するケースもあります。

店舗や工場、土地や建物などの不動産をまとめて移転した場合、買い手側は所有権移転登記をしなければなりません。この登記手続きには、固定資産税評価額の課税標準に対し、土地は1.5%（※1 ）建物には4%を乗じた登録免許税がかかります。

不動産取得税にも固定資産税評価額の課税標準が用いられ、3％（※2）を乗じた額を買い手側が納付します。

※1 土地の所有権の移転登記：2026年3月31日までの間に登記する際の特例であり、本則は4%
※2 不動産取得税：2027年3月31日までの特例であり、本則は4%

会社売却にかかる税金で注意したい点

会社売却では、税率や計算方法だけでなく、独特のルールにも注意して節税対策を講じる必要があります。特に、みなし配当と、のれんに関する税務上の扱いは誤解が生じやすい部分です。

「みなし配当」に注意する

会社が株主から自己株式を取得する際、対価のうち資本金等の額を超える部分が配当と見なされて課税される仕組みを、みなし配当と呼びます。

見なし配当とされる金額は、個人株主であれば配当所得として課税されます。配当所得は、総合課税または申告分離課税を選択できますが、給与所得などと合算した結果、税率が高くなるケースも少なくありません。

法人株主の場合は、受取配当等の益金不算入制度が適用され、受け取った配当の一定割合が課税所得から除外されます。ただし、完全に非課税になるわけではなく、持株比率などに応じて一部が課税対象となるケースもあります。

「のれん」に注意する

会社売却の場面におけるのれんとは、ブランド力や顧客基盤、技術力、人材といった目に見えない価値を総合した無形資産のことです。一般的に、事業譲渡の対価が引き継ぐ資産と負債の差額を大きく上回る場合、その差額部分がのれんとして評価されます。

事業譲渡では、消費税の課税対象となる資産として扱われるケースが多く、のれんが大きく評価されると、譲渡対価に含まれる消費税の金額も膨らみます。売り手にとっては預かった消費税を納める義務が生じ、買い手にとっては仕入税額控除を通じて消費税の申告に影響が出るため、軽視できません。

会社売却時に活用できる税金対策

会社売却における税金対策は、最適なスキームを選択することと併せて事前に綿密な計画を立てておくことが大切です。よく活用されている税金対策について、正しく理解しておきましょう。

第三者割当増資を活用する

買い手に対して新しく株を発行し、購入してもらう第三者割当増資という手法があります。第三者割当増資には、増資によって会社の運転資金が増強されるだけでなく、既存株主が支払う譲渡所得税の負担を抑える調整効果もあります。

具体的には、現在の株価に近い適正な価額で新株を発行し、その後に既存株主が保有株式の一部を譲渡するスキームにすることで、取得費と売却価額の差が調整されると[八駿2.1][早平2.2]いった仕組みです。取得費が相対的に大きくなることで譲渡所得が圧縮され、個人の所得税と住民税の負担を抑えられる効果が期待できます。

ただし、実際の株価と比べ明らかに低い価格で新株を発行すると、既存株主から新たな株主への贈与があったと見なされかねません。有利発行と判断された場合、贈与税の課税問題が生じるため、株価評価と発行条件には慎重な検討が必要です。

株式譲渡ではなく事業譲渡を選択する

税率だけを見た場合、個人が株式譲渡で会社を売却した方が、事業譲渡より税負担が軽くなるように映るかもしれません。しかし、法人の繰越欠損金を有効に使える場合など、条件によっては事業譲渡の方がトータルでの税負担を抑えられるケースがあります。

売り手法人に過去の赤字が多く残っている場合、その繰越欠損金を事業譲渡の譲渡益と相殺すれば、法人税等の負担を大きく圧縮できる可能性があります。そのうえで、残った会社を清算したり、オーナー個人に資金を戻したりするスキームを組めば、最終的な手取り額が株式譲渡よりも多くなるかもしれません。

ただし事業譲渡では消費税がかかる資産も多く、さらに、将来的に配当や清算分配金としてオーナーが資金を受け取る際に再度課税されるケースもあります。
個人と法人、消費税の3つの視点から、収支のシミュレーションを行いましょう。

会社分割を併用する

会社分割と組み合わせると、売却対象とする事業や資産の整理が必要になるため、税務上でも効率的なスキームを組み立てやすくなります。例えば、本体会社から不採算事業を切り離して別会社に移し、売却価値の高い事業だけを残したうえで株式譲渡を行うといった方法です。

適格分割の要件を満たせば、分割時点での法人税は原則として発生せず、事業の再編成と会社売却を段階的に進められます。また、事業の一部を将来の承継候補者に引き継ぎ、残りの事業を第三者に売却するといった柔軟な事業承継をすることも可能です。

ただし、会社分割は組織再編税制の理解が不可欠であり、要件を満たせない場合は想定外の税負担が生じかねません。

役員退職慰労金を活用する

会社売却時のタイミングで役員に退職慰労金を支給することは、経営者個人の最終的な手取り額を増やすための有効な節税対策です。退職慰労金の支払額は、会社の損金として計上されるため、会社の課税所得が減少し、法人税の負担軽減につながります。

また、退職慰労金は原則として退職所得として扱われるため、勤続年数に応じた控除額が適用され、課税対象となる金額を大幅に圧縮することが可能です。さらに、控除額を差し引いた残りの金額の半分に税率が適用されるため、結果として経営者の手取り額を増やせる可能性が高くなります。

ただし、退職慰労金が社会通念上の水準を大きく上回ると税務調査で過大と判断され、会社側では損金として認められない可能性があります。事前に税理士などの専門家と相談し、判例や同業他社の事例を参考にしながら水準を決め、リスク回避につなげましょう。

配当控除を活用する

自己株式取得や資本の払い戻しなどを組み合わせたスキームでは、見なし配当として配当所得が発生するケースがあります。この場合、個人株主には総合課税を選択して確定申告を行い、配当控除を活用するという選択肢があります。

配当控除とは、配当所得の一部を税額計算上で控除する制度です。この制度には、法人段階ですでに法人税が課されている配当について、二重課税の調整を行うという趣旨があります。総合課税を選択した場合には、所得税と住民税の双方で一定割合が控除されるため、配当所得の税負担を軽減する効果があります。

ただし、配当控除は見なし配当などの配当所得に対して適用される制度であり、通常の株式譲渡所得には適用できません。

概算取得費の特例を活用する

株式の取得費が不明な場合、売却価額の5%を取得費と見なす概算取得費の特例があります。古い会社や、相続などで取得した株式で資料が残っていないケースで有効な制度です。

取得費の実額を証明できない場合、そのままでは売却価額のほぼ全額が譲渡所得として課税される可能性があります。概算取得費の特例を活用すると、売却価額の一定割合を取得費として控除できるため、課税される譲渡所得を圧縮できます。

実際の取得費が売却価額の5%より大きいと予想される場合には、可能な限り資料を探し出すようにしましょう。

国税庁「No.3258 取得費が分からないとき」

会社売却は、オーナーの人生の集大成ともいえる局面です。売却後の生活資金や相続対策まで見据えたうえで、どの手法を選ぶのか適切に判断するには、M&Aや事業承継に詳しい専門家の力が欠かせません。

税理士法人レガシィでは、事業承継や会社売却に関する相談を幅広く受け付けています。自社にとって最適な会社売却の種類が分からない、税金のシミュレーションをしてみたいといった段階での相談も歓迎です。専門家のサポートを得ながら最適な出口戦略を検討しましょう。

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